Rogue Trooper to gra akcji ukazująca wydarzenia z perspektywy trzeciej osoby, osadzona w futurystycznym świecie. Produkt oparto na komiksie pod tym samym tytułem. Gra toczy się na planecie Nu Earth, gdzie atmosfera jest w całości skażona. Głównym bohaterem jest żołnierz stworzony z pomocą inżynierii genetycznej, tak by mógł przeżyć w trującym środowisku planety. Zadaniem głównego bohatera i jemu podobnych istot jest pokonanie wrogiej armii Nort Republic. W pewnym momencie, podczas walk w strategicznym obszarze Quartz Zone, część oddziału postaci przechodzi na stronę wroga i dokonuje masakry swoich towarzyszy. Bohater przechodzi więc do walki partyzanckiej, chcąc zabić zdrajców. Rozgrywka polega na kierowaniu doskonale uzbrojonym żołnierzem, eliminowaniu z jego pomocą rozmaitych przeciwników (inni super żołnierze, bojowe roboty, pojazdy pancerne oraz samoloty) i unikaniu wykrycia przez przeważające siły wroga. Główny bohater ma ponadto możliwość korzystania z zapisów osobowości swoich poległych towarzyszy, co daje dostęp do rozmaitych informacji. Program posiada tryb rozgrywki wieloosobowej.