UFO: Kolejne Starcie to strategia odbywająca się w turach, w której gracz poprowadzi siły ziemian przeciw krwiożerczym obcym. Akcja gry toczy się w niedalekiej przyszłości, kiedy to w wyniku potężnej inwazji obcych ludzkość została zredukowana do garstki kryjących się gdzie popadnie uciekinierów. Z czasem nieliczni ocaleni zaczęli organizować się i wykorzystywać opuszczone bazy wojskowe. Zadaniem gracza jest poprowadzenie ich do zwycięstwa nad obcymi, a także poznania i pokrzyżowania ich planów wobec Ziemi. Rozgrywka dzieli się na dwie części - taktyczną oraz strategiczną, przy czym ta pierwsza jest istotniejsza. W czasie trybu strategicznego widać całą Ziemię podzieloną na sektory. W każdym z nich znajduje się baza, którą można przejąć i wykorzystać na kilka sposobów, np. jako centrum produkcyjne czy centrum rozwoju technologii. W części taktycznej, podzielonej na tury, gracz rozkazuje grupie żołnierzy mających wykonać jakieś zadanie. Rodzajów misji jest bardzo wiele, ale można tu wyróżnić oczyszczenie terenu z obcych, zdobycie bazy czy uratowanie konkretnych osób. Biorące udział w walkach postacie z czasem zyskują umiejętności, a rozwój technologii pozwala je opancerzyć i uzbroić w różne urządzenia (samych broni jest w grze 70 rodzajów). Grafika programu jest w pełni trójwymiarowa.