Z Archiwum X - Sezon 2. Archiwum X to sekcja FBI, powołana przez Hoovera do badania wszelkich zjawisk niewyjaśnionych i paranormalnych. Jedynymi pracownikami sekcji są entuzjastyczny Fox Mulder i sceptyczna Dana Scully. Serial utrzymany jest w paradokumentalnej konwecji (dokładna data i miejsce zdarzeń). W kolejnych epizodach agenci rozwiązują zagadki tajemniczych zdarzeń mających miejsce na terenie USA.

Odcinek 1: LITTLE GREEN MES. Scenariusz: Glen Mogan & James Wong Reżyseria: David Nutter
Archiwum X zostało zamknięte. Mulder i Scully prowadzą standardowe sprawy jako agenci FBI. Mulder wybiera się w tajemnicy do Puerto Rico, aby uprzedzić rządową ekipę, która ma zniszczyć dowody świadczące o nawiązaniu kontaktu z istotami pozaziemskimi.

Odcinek 2: THE HOST Scenariusz: Chris Carter Reżyseria: Daniel Sackheim
Agent Mulder tropi humanoida - niebezpiecznego potwora pasożytującego w podmiejskim systemie kanalizacyjnym.

Odcinek 3: BLOOD Scenariusz: Glenn Morgan & James Wong Na podstawie opowiadania Darina Morgana reżyseria: David Nutter
Mulder i Scully prowadzą śledztwo w sprawie serii wyjątkowo brutalnych zbrodni. Wszystko wskazuje na to, że morderstw dopuścili się „zwykli" mieszkańcy małego miasteczka.

Odcinek 4: SLEEPLESS Scenariusz: Howard Gordon Reżyseria: Rob Bowman
Śledztwo naprowadza Muldera oraz jego nowego partnera Aleksa Kryceka na trop naukowca biorącego udział w eksperymencie mającym na celu stworzenie super żołnierzy, którzy nie muszą spać.

Odcinek 5: DUANE BARRY Scenariusz: Chris Carter Reżyseria: Chris Carter
Agent FBI, Duane Barry, uważa, że został uprowadzony przez obcych. Chce zostać wysłuchany, przetrzymuje więc swego psychiatrę jako zakładnika.

Odcinek 6: ASCENSION Scenariusz: Paul Brown Reżyseria: Michael Lange
Drugi odcinek poświęcony Duane'owi Barry'emu, agentowi, na którym kosmici prowadzili eksperymenty. Skinner reaktywuje Archiwum X. Agentka Scully znika w tajemniczych okolicznościach.

Odcinek 7: 3 Scenariusz: Chris Ruppenthal, Glenn Morgan & James Wong Reżyseria: David Nutter
Mulder łączy serię śmierci z grupą współczesnych wampirów, a nie - jak głosi wersja oficjalna - z atakami niedźwiedzi.

Odcinek 8: ONE BREATH Scenariusz: Glen Morgan & James Wong Reżyseria: R.W. Goodwin
Scully zostaje odnaleziona w prowincjonalnym szpitalu. Agentka jest w śpiączce. Mulder podejrzewa, że za jej zniknięcie i obecny stan, jest odpowiedzialny rząd.

Odcinek 9: FIREWALKER Scenariusz: Howard Gordon Reżyseria: David Nutter
Naukowcy badający wnętrze aktywnego wulkanu odkrywają nieznaną pasożytniczą formę życia.

Odcinek 10: RED MUSEUM Scenariusz: Chris Carter Reżyseria: Win Phelps
Farmerzy z jednego z miasteczek w Wisconsin podejrzewają, że za uprowadzeniami odurzonych narkotykami nastolatków stoją członkowie pewnej sekty.

Odcinek 11: EXCELSIS DEI Scenariusz: Paul Brown Reżyseria: Stephen Surjik
W Excelsis Dei - domu opieki dla starszych, niedołężnych ludzi, zostaje brutalnie zaatakowana pielęgniarka. Kobieta twierdzi, że napastnik był niewidzialny. Mulder i Scully starają się dowiedzieć, kto odpowiada za napad. Czy są to rzeczywiście złe duchy...?

Odcinek 12: AUBREY Scenariusz: Sara B. Charno Reżyseria: Rob Bowman
Ciężarna kobieta ma przerażające wizje. Ukazują jej się obrazy seryjnych zabójstw popełnianych na przestrzeni pół wieku. Mulder i Scully, podążając za jej wskazówkami, znajdują kolejne ciała...

Odcinek 13: IRRESISTIBLE Scenariusz: Chris Carter Reżyseria: David Nutter
Agenci Mulder i Scully ścigają fetyszystę, który kolekcjonuje fragmenty ciał pięknych dziewcząt. Scully jest w śmiertelnym niebezpieczeństwie.

Odcinek 14: DIE HAND DIE VERLETZ Scenariusz: Glen Morgan & James Wong Reżyseria: Kim Manners
Grupa nastolatków, podczas zabawy, wywołuje złego ducha. Jeden z chłopców ginie. Miejscowy szeryf obawia się, że chłopak padł ofiarą nieznanej sekty, wzywa więc na pomoc agentów Archiwum X.

Odcinek 15: FRESH BONES Scenariusz: Howard Gordon Reżyseria: Rod Bowman
Mulder podejrzewa, ze za śmierć dwóch żołnierzy w obozie dla haitańskich uchodźców odpowiedzialni są wyznawcy voodoo

Odcinek 16: COLONY Adaptacja telewizyjna: Chris Carter Scenariusz: David Duchovny & Chris Carter Reżyseria: Nick Marck
Mulder prowadzi śledztwo w sprawie tajemniczych zaginięć trójki identycznych lekarzy i tropi mordercę, który potrafi zmieniać kształt ciała. W tym odcinku pojawia się też kobieta podająca się za Samanthę, zaginioną przed laty siostrę Foxa

Odcinek 17: END GAME Scenariusz: Frank Spotnitz Reżyseria: Rob Bowman
Załoga łodzi podwodnej na morzu Beauforta zostaje zaatakowana przez tajemniczy statek. Mulder odnajduje kobiety - klony, wyglądające dokładnie jak jego siostra Samantha.
Odcinek 18: FEARFUL SYMMETRY Scenariusz: Steve De Jarnatt Reżyseria: James Whitmore, Jr.
W ZOO w Idaho zostaje popełnionych kilka zbrodni. O napaści podejrzane są zwierzęta. Świadkowie mówią jednak o działaniu niewidzialnej siły.

Odcinek 19: DØD CALM Scenariusz: Howard Gordon & Alex Gansa Reżyseria: Rob Bowman
Mulder i Scully jadą do Norwegii, by poznać tajemnicę tzw. Eksperymentu Filadelfijskiego, prowadzonego na zlecenie rządu USA podczas II wojny światowej.

Odcinek 20: HUMBUG Scenariusz: Darin Morgan Reżyseria: Kim Manners
W miasteczku na Florydzie zostaje zamordowany artysta cyrkowy. Zbrodnia jest podobna do zabójstw popełnianych na przestrzeni ostatnich 28 lat.

Odcinek 21: THE CALUSARI Scenariusz: Sara B. Charno Reżyseria: Michael Vejar
Dwulatek zostaje zabity przez miniaturową kolejkę w parku, a jego rodzinę nęka seria innych tragicznych zdarzeń. Są one na tyle zagadkowe, że do akcji wkraczają agenci Archiwum X.

Odcinek 22: F. EMASCULATA Scenariusz: Chris Carter & Howard Gordon Reżyseria: Rob Bowman
Scully prowadzi badania nad rozprzestrzeniającą się w więzieniu śmiertelną chorobą zakaźną. Mulder ściga dwóch zarażonych, zbiegłych więźniów.

Odcinek 23: SOFT LIGHT Scenariusz: Vince Gilligan Reżyseria: James Contner
Z hotelu w Richmond znika w tajemniczych okolicznościach kilka osób. Agenci Archiwum X zatrzymują naukowca, który - dosłownie! - boi się własnego cienia.

Odcinek 24: OUR TOWN Scenariusz: Frank Spotnitz Reżyseria: Rob Bowman
Mulder i Scully prowadzą dochodzenie w przetwórni mięsa. Jej kierownictwo może być powiązane z zaginięciem kilku osób

Odcinek 25: ANASAZI Scenariusz: David Duchovny & Chris Carter Reżyseria: R.W. Gordon
Mulder otrzymuje od hakera dyskietkę zawierającą tajne informacje. Dotyczą one ukrywania przez Departament Obrony USA dowodów potwierdzających istnienie życia w kosmosie.
- Cała prawda o Sezonie Drugim
- Chris Carter opowiada o Sezonie Drugim
-Tajniki efektów specjalnych
- Na planie
- Wycięte sceny
- Zwiastuny