Mortal Kombat: Deception to gra akcji ze znanej serii gier walki.

Gra posiada kilka trybów, wśród których wyróżnia się Konquest. Gracz kieruje w nim chłopcem imieniem Shujinko. Początkowo postać uczy się i trenuje pod okiem BoRai Cho. Po jakimś czasie chłopiec opuszcza wioskę gdzie mieszka mistrz i udaje się w podróż, w trakcie której spotka wiele z postaci ze świata Mortal Kombat i nauczy się nowych technik dążąc do mistrzostwa w sztukach walki. W tym trybie postać zyskuje kolejne poziomy doświadczenia. Akcję obserwuje się głównie z perspektywy trzeciej osoby. Inne tryby rozgrywki to znany z poprzednich części szereg pojedynków z coraz potężniejszymi przeciwnikami, gra w szachy postaciami z programu oraz rodzaj układanki. Dostępna jest również krypta, gdzie znaleźć można rozmaite dodatki jak choćby rozmaite informacje, nowe stroje czy ukryte postacie.

Do dyspozycji gracza oddano 24 wojowników. Połowa z nich dostępna jest od razu, pozostałych odblokowuje się wraz z biegiem rozgrywki. Postacie którymi gracz kierować może od początku to: Scorpion, Mileena, Baraka, Sub-Zero, Kabal, Ermac, Nightwolf, BoRai Cho, Ashrah, Dairou, Kobra, oraz Darrius. Każda postać posiada sporo zróżnicowanych ciosów oraz charakterystyczne sekwencje dobijające przeciwników. Wiele elementów lokacji jest interaktywnych.

Grafika programu jest w pełni trójwymiarowa.